A atual estrutura acadêmica do PPGZ é composta por uma Área de Concentração (Produção animal) e seis Linhas de Pesquisa:
A duração média do curso de mestrado é de 24 meses e em tempo integral, requerendo que o aluno curse um mínimo de 24 créditos em disciplinas. Destas, são 4 disciplinas obrigatórias, entendidas como de formação básica, e 20 de formação específica. Conta, também, anualmente, com número variável de disciplinas em Tópicos Especiais, ofertadas de acordo com as demandas das áreas e oportunidades de integração com outros grupos de pesquisas do país e de outros países, através do intercâmbio internacional.
Informações detalhadas sobre a estrutura curricular vigente estão disponíveis na aba "Programa >Cursos > Detalhes do Curso > Curriculum Structures 00592016, Criado em 2016.2"